Das Gesundheitsministerium, genauer das Bundesministerium für Gesundheit, ist eine Bundesbehörde und damit höchste verwaltungsrechtliche Instanz für Gesundheitsfragen.

Das mit seinem Hauptsitz in Bonn ansässige Gesundheitsministerium hat im Laufe der Zeit sein Portfolio immer wieder erweitert, um es anschließend wieder zu kürzen. Bei der ersten Konstituierung im Jahre 1961 beschränkte sich sein Zuständigkeitsbereich lediglich auf das Gesundheitswesen. Acht Jahre später kam die Zuständigkeit für Familie und Jugend hinzu. Nachdem im späteren Verlauf weitere Kompetenzen wie die Förderung von Frauen und soziale Sicherung hinzukamen, beschränkt sich das Gesundheitsministerium seit 2005 wieder ausschließlich auf das Kernfeld des Gesundheitswesens.

Im Rahmen seiner Zuständigkeit wacht das Gesundheitsministerium über die Leistungsfähigkeit der gesetzlichen Versicherung der Kranken- und Pflegeversicherung. Erklärtes Ziel ist, einerseits für ökonomisch adäquate Beiträge zu sorgen, die sich solidarisch an der Leistungsfähigkeit der Versicherten messen, sowie andererseits den bestmöglichsten Nutzen für die Patienten zu ermöglichen. Das umfasst beispielsweise auch die Finanzierung und sonstiger Förderung von Studien und Entwicklungen vielversprechender Behandlungsmöglichkeiten. Aber auch die Kontrolle über die medizinische Unbedenklichkeit gehört zum Aufgabenbereich, indem das Gesundheitsministerium beispielsweise Rahmenvorschriften erstellt, an der sich die Entwicklung und Prüfung neuer Arznei richten müssen. Ein anderer wichtiger Aufgabenbereich ist schließlich die Errichtung und Aufsicht eines Bundesinstituts für Infektionskrankheiten, die namentlich in Form des Robert-Koch-Instituts für Infektionskrankheiten mit Hauptsitz in Berlin realisiert wurde.